Структура предприятия включает в себя основное и вспомогательное производства. Уникальный набор установок ПАО «Славнефть-ЯНОС» позволяет в настоящее время производить дизельное топливо и автомобильные бензины высшего качества, отвечающие требованиям Евро-5.

В состав основного производства ПАО «Славнефть-ЯНОС» входят две установки АВТ и установка ЭЛОУ-АТ . На АВТ-3,4 первыми в отрасли были внедрены блоки демеркаптанизации керосина, позволяющие отказаться от процесса гидроочистки реактивного топлива.

Установки вакуумной разгонки мазута ВТ-3 и ВТ-6 предназначены для получения вакуумного газойля, являющегося сырьем для каталитического крекинга и гидрокрекинга.

Битумная установка предназначена для производства дорожного, кровельного, нефтяного и покровного битумных вяжущих материалов. В 2002 году на битумной установке первой в отрасли была введена в эксплуатацию колонна получения дорожного битума по технологии «Битурокс».

В 2004 году на предприятии начала работу установка висбрекинга, позволяющая оптимизировать процесс приготовления котельных топлив.

На заводе имеются четыре установки каталитического риформирования: Л-35/11, ЛГ-35/11 и построенная в 2006 году установка КР-600 с непрерывной регенерацией катализатора, повышающие октановые числа прямогонных бензинов, и Л-35/6, позволяющая получать индивидуальные ароматические углеводороды.

Установка каталитического крекинга 1А-1М позволяет получать компоненты для высокооктановых товарных бензинов.

Дизельное топливо, соответствующее Евро-5, выпускается на установках гидроочистки Л-24/6, ЛЧ-24/7, новой установке гидроочистки дизельного топлива, введенной в эксплуатацию в 2013 году.

Установка 25/7 обеспечивает производство алкилата, высокооктанового компонента бензинов, практически без сернистых и ароматических соединений. На установке МТБЭ производят соответствующую присадку. Установка газофракционирования предназначена для разделения газовых смесей на индивидуальные компоненты и получения газового топлива для коммунального хозяйства.

Комплекс масел КМ-2 обеспечивает выпуск высококачественных турбинных, индустриальных, компрессорных, трансмиссионных и базовых масел.

Установка по производству базовых масел III группы, которая была введена в эксплуатацию в 2017 году в соответствии с государственной программой импортозамещения, позволила предприятию начать выпуск современной базы для производства российских синтетических смазочных материалов.

Установки получения элементарной серы и серной кислоты («Мокрый катализ» и «Кодиак») предназначены для переработки сернистых газов в соответствующие товарные продукты.

Комплекс гидрокрекинга предназначен для получения бензиновых, керосиновых, дизельных, очищенных от примесей фракций.

Установка изомеризации фракций С5-С6 ("Изомалк-2") позволяет получать высокооктановые компоненты бензина, установка гидроочистки бензина каталитического крекинга - снизить содержание серы в бензине каткрекинга.

Вспомогательные цеха завода (ресурсообеспечения, контрольно-измерительных приборов и автоматики, связи, центральная заводская лаборатория и др.) призваны полностью обеспечить потребности основного производства.